Kota Kinabalu là trung tâm công nghiệp và thương mại của bang Sabah. Kinh tế thành phố dựa chủ yếu vào khu vực 2 là công nghiệp. Tuy rằng khu vực 1 (nông nghiệp) từng chiếm vai trò chính trong quá khứ nhưng do tiến trình đô thị nhanh chóng đi đôi với sự phát triển kinh tế mà khu vực này đã dần dà lu mờ đi. Gần đây diễn ra một sự chuyển dịch rõ ràng về phía các ngành khu vực 3 (dịch vụ), đặc biệt là sự bùng nổ của ngành du lịch.[5] Nhiều ngân hàng thương mại cũng như các công ty bảo hiểm cấp bang, cấp quốc gia và cấp quốc tế đã đặc trụ sở chính hoặc chi nhánh ở thành phố.

Hoa kiều đóng góp vào sự phát triển của Kota Kinabalu kể từ khi họ di cư đến thành phố vào cuối thế kỷ XIX.[70] Ngày đó họ làm "cu li" (làm việc kiểu nô bộc) còn ngày nay nhiều người là chủ các cửa hiệu.[70]

Nhiều doanh nghiệp công nghiệp và chế tạo đặt nhà máy ở Kota Kinabalu, đặc biệt là tại các khu vực công nghiệp gồm Likas, Kolombong và Inanam. Nằm cách quận kinh doanh trung tâm 25 km về phía bắc, Khu công nghiệp Kota Kinabalu (Kota Kinabalu Industrial Park - KKIP) rộng khoảng 33,7 km²[71] ở Sepanggar được xây dựng nhằm tận dụng lợi thế so sánh của Sabah như nguồn nguyên liệu thô có sẵn cũng như vị trí chiến lược xét trong Khu vực Tăng trưởng Đông ASEAN Brunei-Indonesia-Malaysia-Philippines (Brunei-Indonesia-Malaysia-Philippines East ASEAN Growth Area).[72] Tính đến năm 2013, KKIP đã thu hút 2 tỉ ringgit (hơn 600 triệu đô la Mỹ) vốn đầu tư và tạo ra 6.000 việc làm cho người lao động.[73] Kota Kinabalu là địa điểm tổ chức vô số hội nghị tầm quốc gia, khu vực và quốc tế cũng như các hội chợ hàng năm, bao gồm Triển lãm Quốc tế Sabah (Sabah International Expo),[74] Hội nghị Du lịch điện tử châu Á-Thái Bình Dương (Asia Pacific eTourism Conference) 2007 của UNCTAD,[75] Đại hội Ngành kĩ thuật ASEAN-Úc 2004 (ASEAN Australian Engineering Congress)[76] và nhiều sự kiện khác. Những hoạt động này thường diễn ra tại Khu nghỉ dưỡng Sutera Harbour (Sutera Harbour Resort).